В 1824 году земли на берегу Ак-Мечетской бухты приобретает генерал-губернатор Новороссийского края М.С. Воронцов. Он создает здесь доходную экономию, привозит крепостных крестьян – русских и украинцев – из других своих имений. Край обустраивается, начинает развиваться экономика, среди местного населения появляется много православных. Это обусловило необходимость построения православного храма.

В 1838 году по указанию хозяина имения князя М.С. Воронцова в Ак-Мечети был построен храм Святых и праведных Захария и Елисаветы, ставший своеобразным центром православия на Тарханкуте. Проект церкви был выполнен известным архитектором Торричелли в модном тогда (в первой половине XIX века) псевдоготическом стиле.  Высокая колокольня храма была видна с моря за 17 миль от берега. Она служила ориентиром кораблям и  была занесена в Лоции черного и Азовского морей.
Сейчас церковь реставрируется.